با ابلاغ قانون توسعه و حمایت از صنایع دریایی کشور و براساس تبصرة (1) مادة (2) آیین نامه اجرایی قانون، پس از تشکیل شورای عالی صنایع دریایی کشور، رئيس دبيرخانه شوراي عالي، در مهرماه سال 1387 با حکم دبير شوراي عالي(وزير صنايع و معادن سابق) منصوب گرديد و بدين ترتيب دبيرخانه شوراي عالي صنايع دريايي فعاليت‏هاي خود را آغاز نمود. همچنین ساختار سازمانی، دستورالعمل‏هاي اجرايي و شرح وظايف دبيرخانه شوراي عالي تدوين و به تصویب شورای عالی رسیده است.

وظایف دبیرخانه شورای عالی:

• ایجاد ساز و کار لازم به منظور تصمیم سازی اثربخش در شورای عالی صنایع دریایی کشور.
• انجام مطالعات، برنامه‏ ریزی و هماهنگی به منظور تهیه اسناد راهبردی صنایع و امور دریایی به صورت دوره ‏ای.
• انجام بررسی ‏های لازم به منظور بازنگری قوانین و مقررات در حوزه صنایع و امور دریایی کشور.
• بررسی راهکارهای جذب سرمایه‏ های داخلی و خارجی در حوزه دریایی کشور.
•  بررسی فرصت ‏های سرمایه‏ گذاری در داخل و خارج از کشور در حوزه دریایی کشور.
•  دريافت  درخواست‏ها و پيشنهادات دستگاه هاي مختلف جهت طرح در کمیسیون راهبری و شوراي عالي.
•  سازماندهی و برنامه ریزی جلسات کمیسیون راهبری، كارگروه‏هاي تخصصي و گروه های ویژه
•  اطلاع رسانی مصوبات شوراي عالي و پايش مستمر اجراي قوانين و مقررات مرتبط.
•  ايجاد ارتباط و هماهنگي اجرايي بين وزارتخانه‏ ها و دستگاه‏هاي اجرايي در حوزه  صنايع و امور دريايي کشور
•  جمع‏ بندي و تحليل اطلاعات راهبردي صنایع و امور دریایی به منظور بهره‏ برداري در شوراي عالي و كميسيون راهبري و كارگروه‏ هاي تخصصي.
•  تهية پيش‏ نويس سياست هاي كلان بين بخشي حوزه دریایی کشور و اقدامات اجرايي و پيشنهاد تقسيم مسئوليت بخش‏هاي مربوطه.
•  پايش طرح ها و پروژه‏ هاي اجرايي حوزه دریایی، شناسايي مشكلات و موانع و نقاط ضعف و ارائة پيشنهادات لازم به شوراي عالي و كميسيون راهبري و كارگروه‏ هاي تخصصي.
• نظارت بر عملکرد صندوق توسعة صنايع دريايي حسب زمینه ها و اولویت های حمایتی ابلاغی شورایعالی.
• نظارت بر روند اجرای برنامه راهبردی 10 ساله صنایع دریایی و ارائه گزارش به دبیر شورای عالی.
•  اجراي وظايف محوله از طرف شوراي عالي و كميسيون راهبري.